在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧()此时又变成攻击型态，并对()裂空坐释出()攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃()窜中的人群当中，大惑不解为何代()欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超()一看到神奇宝贝顿时()吓坏了，但听到它的求救声便镇静下来。原来它的同伴负电()拍拍被陷进垃圾()桶里无法挣脱，小超决定()帮忙。当他打开垃圾桶盖时，忽然负电()拍拍迫不及待地冲出()来！小超又吓坏了，不由自主地想要逃离现场，这时()忽然小卡比兽也从垃圾桶冒出来！可怜的小超就这么昏过去了。之后小智赶来发现不省人事的小超，便用尽方法想()把小超叫醒。小超苏醒后却不高兴地嫌小智多()管闲事（背景的小卡比兽则捡()着垃圾吃）()。此时小遥、小刚、正太、阿隆、()一位女性和两位双胞胎女生也赶到，而小智正催促小超赶快逃难。但()小超还来不及动作，忽然一束死光射到他们附近的地面，把大家吓得魂飞魄()散！大家惊魂甫定时，小超告知有个地方可以躲难，一行人便跟了过去。　　小超带大家来到他之前去的玻璃温室植物园。当小超对植物园的入口读卡机刷卡时，发现读卡机故障，门打不开了。正太自告奋勇地用双手奋()力把门扳开。当大家为正太喝采时，阿隆盯着小智看，轻蔑地()说小智怎么还待在拉鲁()斯市里，以为他惨败后早该羞()愧地回老家了()。小智生气地说要再跟他比一场，小遥只得劝架说现在不是时机()，但这时一旁的两位双胞胎女生加油添醋地说她们的哥哥绝不会输给()小智。小智()质问她们是谁，而那位女性解释那两位小女生()是正太的妹妹们，オオドリ（暂：大鸟）和キャサリン（暂()：凯萨琳）。女性则自我介()绍是ヒ()トミ（暂：小瞳）。接下来我们都知道小()刚会做出什么反应啦，而()小胜也立刻拉走小刚的耳朵。　　之后阿隆问大家该如何在植物()园里打发时()间，而小瞳则拿出笔记型电脑开始查询那只DNA神奇宝贝的资料。但出乎她意料之外并没有任何代欧的资料，正太则催促她继续尝试（背景的小卡比兽正在睡觉）。此时小智询问一脸()哀伤的小超怎么了，而在其他人的关切下，小超开始诉说他四年前的经历。小超()仰望着还在()激战的两只神奇宝贝，在大家（除了小卡()比兽）的全神贯注下，说代欧是从宇宙来的。四年前一颗陨石击中地表，而从陨石中，迸出那只被伦多博士()命名为“代欧奇希斯”的神奇宝贝。由于它侵犯了裂空坐的大气层领域，于是大激战开始。裂()空坐的破坏死光之后()准准地轰()碎代欧奇希斯，成为零星碎片。阿隆对小超的故事怀疑并嗤之以鼻，而正太也叫小超别把他们当小孩骗，并反问为何代欧现在还活着？小超只能回答他不知道()。　　此时在温室植物()园上空，代欧开始复制自己()的“影子代欧()”分身。分身群一看到四处躲藏的惊()慌市民，居然()就开始冲下来，掳走市民到不()知名的地方去了！　　在植物园中小智他们仍藉着小瞳的电脑收听广播。记者播报现()在拉鲁斯()市被?\罩()在代欧所()形成的透明罩里无法对外通行()，并且影子代欧们群仍不停地掳走人们。小瞳关掉电脑，正太()则担心被困()在这里。在窗外的影子代欧群不时地逼近，把大鸟和凯萨琳吓哭了。忽然一只分身冲破玻璃屋顶进来，小超看到赶紧()叫大家赶快跑，但影子代欧却已经冲下()来了！正太叫出水箭龟用高压()帮浦，却对影子代欧无效。就在正太纳 闷为何无效的时候，从背后另一()只影子代欧偷袭正太和水箭龟，从屋顶破洞把他们掳走了！阿隆生气地叫出火焰鸡使出火焰飞踢，小智叫皮卡丘用十万伏特()，小瞳叫出巨金怪用彗星拳，双()胞胎叫出溜溜糖球和雨翅蛾用泡沫光线。这()些()神奇宝贝在对付影()子代欧群时()，小智叫大家赶快逃走，阿隆则问小超是否知道紧急出口在哪。突然小刚发现他的()宝贝球无法()打开()了，其他人也惊觉他们的也不行。　　影子代欧又杀出重围()逼近小超，害他只好继()续()逃躲。阿隆叫火焰鸡攻击()影子代欧，并叫大家别管他而先行逃离。阿隆请小遥照顾好他的两个妹妹，但小遥不想()丢下阿隆不管。此时小刚正着急地想叫醒小()卡比兽（居然到这节骨眼还在睡）()，而火焰鸡持续使出上勾拳拖延时间()，让小遥她们有时间跑到出口。小遥叫()正在战斗的小智他们赶快跑过来，但小智他们还是吩咐小遥她们先行离开。忽然，小卡比兽打了大大的呵欠，同时嘴里冒出白光照射整个温室，居然把所有影子代欧给光分解了！小智()他们便趁机跑向出口离开。　　此时在伦多博士的研()究实验室里，伦多博士不省人事地躺平。助手春野手持电击棒，嘴里假惺惺地()感谢伦多博士的努力带给他不少的方便，忘我地盯着水晶球体，幻想自己能如何地从中获得暴利和权势并掀起神奇宝贝界的大革命。这时忽然有人敲门把春野吓了一跳。原来外面是小超和一行人，小超则()对一行人解释实验室是建造在植物()园的底下。春野这时开门让大家进去，但实验室里都不见伦多博士的人影()。小超问春野父亲的下落()，春野骗说伦多博士已经出门找他了。小超担心外面那么危险爸爸会不会有事，春野则叫小()超不要穷担心。小智打算出去寻找博士，但阿隆则叫小智不要贸然行动造成大家的担心。一群人便待在一起等伦多博士回()来。　　已经晚上了，却仍不见伦多博士的踪影。大鸟和凯萨琳一直喊累喊()饿，阿隆只好哄她们安静再等一下。此时小卡比兽手拿着三明治走向大鸟和凯萨琳()，那对()双胞胎以为这只好()心的神()奇宝贝带给她们食物，却看到小卡比兽当面把三明治吞掉了！两个女生顿时大哭，小智则决定要出外找食物。阿隆()仍是提醒小智外面的危险，但这次小智毅然地()跑出去，阿隆和()其他人只好尾随。　　在外()头可看到影子代欧()四处飘移，如同在巡逻一般。小智他们放低姿态以免被发现，并一起计画找寻食物大作战。当影子代欧暂时离开后大伙便分头行进，而小智()、皮卡丘和小刚找到了一台热狗贩卖机，但电源切()断了。小智叫皮卡丘使出十万伏特()，那台电动贩卖机便一边启动一边播放音乐，热狗不停地掉出来，小刚他们就尽可能地抓了一大把。忽然，小刚把小智压在地上，并叫他不要出声，原来()头顶上飘着一群()影子代欧。小智他们躲在贩卖机后面，但机器的音乐却还在播放！影子代欧听到音乐后往贩卖机逼近，小智他们则吓得以为死定了。忽然小超和正、负电拍()拍从另一头走出来，完全不知道影子代欧的存在。分身们立刻冲向小超，但正、负电拍拍联合()用了电击绝招保()护小超。这时()，一只影子代欧倏地攫住负电拍拍和小超！小智便奋不顾身地抓住那只分身并猛咬它的一只手臂，小超便挣脱成功了。小智问小超()是否安然无恙，皮卡丘则持续()攻击其他分身。但为数实在()太多了，小智叫大家赶快逃离，但小超仍担心负电拍拍的安全。小刚呼吁他们自身的安全更重要，于是他们便逃离现场了。他们来到一间开着窗户的建()筑物，于是便爬进窗户躲藏。影子代欧群飞掠过()来，幸()好没有发现小智他们的()踪迹。在稍微喘气()后，小超发现正电拍拍为它的同伴难过，便试着抚摸安慰正电拍拍，却()因为幼年创伤的身()体排斥反应让他无法这么做，只好对正()电拍拍道歉。此时皮卡丘在这栋建筑里找到一瓶水，让大家心情好了起来。　　之后大家费了一番力气回到实验室，并一面吃着热狗一面称赞多好吃。此时阿隆指着小瞳()的电脑广播，告诉小智那些被影子代欧掳走()的人们（包括火箭队…和可达鸭()）都被带到不知名的地()方。小刚对那个特定()地方感到奇怪，这时忽然听到伦多博士的声音！原来他从()柜子()里昏沈地爬出来，显然不知道自己()被电昏的()事情。博士说代()欧正在找它的朋友，并问大家春()野在哪里。大家说()春野出去了，博士环顾四周发现水晶球体不见了。小超问父亲那是什么，伦多博()士则回()答，那球体是代()欧奇希斯的另一部份身体。之后博士透露原来()那球体就是让代欧再生、复制的关键！小胜告()知春野带着球体离开()了，阿隆则猜测原来代欧就是为了找回这球体()才返回攻击大家的()。　　()忽然，之前在植物园里的神秘光芒又()出现在小超面前和他“谈话”。小超向()大家介绍这()是他在植()物园认识的朋友，之后那光芒()形成另一只代欧奇希斯()的身影。小()超告诉父亲或许水晶球体还有生机，便冲出去寻找，后面跟着其他人。　　此时在拉鲁斯市的偏僻处()，春野带着()一只箱子疯狂地跑。忽然从两只神宝的战斗中射来一束死()光，在附近的地面爆炸让春野失去重心并摔倒箱子滚出水晶球体。爆炸引发的碎石开始落向春野，而这伦多博士的助手就被()掩埋了。在天空中的两只神奇宝贝也没闲()着()，裂空坐开始用身体紧缠代欧，让代欧无法动弹。　　小超后头跟着其他人，藉由那个光芒的()带领下继续向()前跑。小超现在了解为何代欧奇希斯不想要孤独，并感同()身受地决定要成为代欧的朋友。其他人也决定帮助小超停息裂空坐与代欧之争。此时春野挣脱瓦砾堆，一边咒骂水晶球体带来他的麻烦。春野这时困惑地找寻水晶球体的下落，但立()刻信誓旦旦地自信一定能很()快找到。他拿出遥控器按了钮，激发不远处的水晶球体射出强光。在天()空中，被裂空坐缠住的代欧往下看到晶体，脸()上顿时露出愤怒的表情()。回到地上，引导小超的光芒正往水晶球体()发出的强光接近，小智则兴高()采烈地说找()到了。阿隆觉得奇怪为何水晶球体会发出强光，大家便蹲下来端详。此时春野出现说水晶球体是他的，并伸()手准备拿的时()候，一群影子代欧过来把春野()包围住了。阿隆认()为它们()也是要来拿水晶球体，此时小智决定，这次要帮助春野…！！