千年一次的彗星之夜里，愿望()将()会实现()……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的()小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐()场，并认()识魔术师巴特勒与戴()安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微()的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特()勒()请小胜当基拉祈的伙伴()，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。　　虽然()基拉祈只能停留短暂()的七日就会再消失，但是()头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢()走，并且想利用他来()完成愿望。　　不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴()呢？小胜与基拉()祈又会面临怎样的()生离死别呢？