为了救神谷薰（武井咲 饰），绯村剑心（佐藤健 饰）纵身跃入大海()，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎（福山雅治 饰）所救()。深感到自身与志志雄真实（藤原龙也 饰）的巨大差距，为了拯救全日本，剑心()恳请()师傅传授他飞天御剑流的最高()奥义。与此()同时，志志雄剑指东()京，迈出武力()夺国的下一步。他强迫()伊藤博文（小泽征悦 饰）对刽子()手拔刀斋发布全国通缉令，得知消息的薰、左之助（青木崇高 饰）则匆匆向东京赶去。再度上路的剑心率先遭到御庭番众的首领四乃森苍紫（伊势谷友介 饰）的阻击，他一路披荆斩()棘，将迎来与宿命的对手()志志雄最终的对决…()…　　本片根据和月伸宏的同名经典()漫画改编。