平和な町・青空町の忍者屋敷に住む青()空小学校4年1組の霧隠虎太郎は400年以上続く霧隠流()忍者の()跡取り息()子で、今日も修行を抜け出()して遊びに行こうと父親の藤兵衛と親子()喧嘩に発展。ところが、爆弾を投げた藤兵衛が誤って全宇宙の支配を目論む()大魔界の暗黒()魔王ゴクアークが封印され()た大岩を壊してしまう。蘇ったゴクアークは人間界を大魔界に変えようとするが、()地球を守る光の()戦士エルドランが身を挺してゴクアークを再封印する。しか()し、ゴクアークは封印される一瞬()の隙を見て闇の魔導士・ヤミノリウスIII世を人間界に遣わした。　　学校帰りに偶然巨大ロボット・ガン()バルガーを見つけ()た虎()太郎と友()達の風祭鷹介、流崎力哉の三人はエルドラ()ンの願いによ()り、ガンバースーツで超能力を身に着けた()スーパーヒーロー・「ミラクル忍者・ガンバーチーム」となり()、否応なしにヤミノリウスが大魔界から召喚する魔界の生物・魔界獣と戦うことになるが、ヤミノ()リウスに「誰かに正体がバレると犬に()なる呪い」をかけられ()てしまった。　　かくして虎太郎たちは、呪()いで犬になってしまった藤兵衛（ゴ()ン）を協力者に、小学生と秘密のヒーローの二重生活を送る羽目()になったのである。　　近所のブタネコに奪われていた霧隠家のご先祖様が大魔界の秘密()を記()したという巻物には、ゴクアークの兄弟である二大魔王の封印を解く方法が書き残して()あった。そしてブタ()ネコとヤミノリウスも交えた巻()物争奪戦の末、ついに三大魔王であるゴクアーク、レツアーク、サイアークが蘇ってしまい…？